数学系始建于1986年，它的前身是理化系和应用数理系。数学系现设有“应用数学”和“信息与计算科学”两个本科专业。信息与计算科学专业既能使学生获得坚实的数学基础知识，又能使学生获得较宽广的计算机知识，为学生提供了将数学基础知识与计算机理论与技能更好结合的广阔领域。数学系设有应用数学和运筹学与控制论2个硕士学位授予点，并能在3个学科招收8个研究方向的博士生和接受博士后研究人员。

数学系现有教师60余名，其中教授10余名（包括博士生导师4名），副教授20余名。学科研究领域涉及到微分几何、函数论、微分方程及其应用、拓扑图论、代数图论、组合设计、小波分析、代数、概率论与数理统计、密码学等。一批高水平的青年教师积极参与国家自然科学基金资助项目的研究工作，并与香港和韩国等国家和地区建立了科研项目合作关系。数学系教师除承担着本系各专业的教学任务外，还承担着全校各专业的高等数学和工程数学的公共课的教学以及研究生、函授生、夜大等各类数学公共课的教学任务。尽管教学任务十分繁重，广大教师们仍积极进行科学研究活动，在教学和科研活动中，取得了许多可喜的成绩。

北京交通大学“国家工科物理课程教学基地”是1996年经教育部批准立项建设的。基地建设的目标是：经过五年左右时间，建成一个面向全国开放的、集物理教学、教学改革研究与实践、师资培训和经验信息交流为一体并具有自身特色的工科物理基础课程教学基地。

基地现有教职工近60人，教授10余人，副教授见20人，高级工程师3人，博士生导师5人，硕士生导师11人 。

目前基地牵头主持了教育部、铁道部和北京市“面向21世纪”工科物理系列课程教学改革的研究课题4项，从现代科学技术发展及21世纪工程技术人才培养的总体要求出发进行课程体系和教学内容的改革，用现代科学技术手段改造传统物理实验，注重对学生创新能力和实践能力的培养和训练，取得了可喜的阶段性成果。

基地承担全校学生的物理系列课程中的实验教学任务。先进的科研仪器、完备的实验手段，和良好的科研、学习环境为基地的迅速发展提供了有力的保障。

物理系始建于1960年，曾先后定名为理学系、理化系、应用数理系，1986年启用现名。

物理系原设有“应用物理”本科专业，专业方向为光电技术、检测技术和计量技术，培养既有扎实物理基础，又受到一定工程训练的理工结合型的高级科学技术人才。为了适应21世纪对高新技术人才的需求，经教育部批准，于1999年增设“光信息科学与技术”本科专业，并于2000年秋季开始招生。物理系设有光学、光学工程、凝聚态物理、材料物理与化学4个硕士学位授予点，并能在5个方向招收博士生和接受博士后研究人员。

物理系除承担本系各专业的教学任务外，还承担全校各专业的“大学物理”、“大学物理实验”两门部级重点课程及研究生课程。与此同时，广大教师锐意改革，努力提高教学质量，在教书育人方面取得了一系列可喜的业绩。物理系曾先后被评为“北京市高教系统教书育人先进集体”、“铁道部优秀教育单位”。大学物理教研室曾获得铁道部“火车头金杯奖”，被评为“铁道部先进集体”。“七五”以来，发表教学研究论文百余篇，公开出版教材近20种，校内讲义近70种，国家及部、市级教学研究项目10余项，先后获得北京市普通高校优秀教材成果一等奖、二等奖，铁道部优秀教材荣誉奖，国家教委科技进步三等奖。

光电子技术研究所是一个以光电子、信息显示及存储技术为主要研究方向的研究所，是学校“211工程”建设重点项目。以该所为依托建立的“信息存储、显示与材料实验室”是部级开放实验室，下设以光电子材料和薄膜光电子器件等为主要研究对象的8个实验室，其中所拥有的薄膜制备设备和光电测量设备已达到国际先进水平。研究所在著名物理学家、中国科学院院士徐叙瑢教授的领导下，一批具有博士学历的青年骨干教师和博士后、博士生、硕士生构成了实力雄厚的科研队伍。

所长徐叙瑢院士，是我国发光学的奠基人。他在发光动力学、能量输运、瞬态光谱、非线性效应、场致发光等方面都有创新，取得了丰硕的成果。由于他卓越的成就，获得了1999年度“何梁何利基金科学与技术进步奖”以及各种其他奖励。

该所主要从事信息存储、信息显示和光电子材料及其器件的研究。研究课题都是国际上的热点研究方向，研究工作整体处于国内领先水平。承担着国家自然科学基金重大项目、重点项目、863计划课题、教育部跨世纪人才基金、铁道部基金、IET基金、博士点基金、国家开放实验室基金及一些横向科研课题等。国际合作研究项目3项，获奖励3项，国家专利1项。近3年发表文章100余篇，被SCI、EI、ISTP三大检索系统收录40余篇。