北京交通大学理学院成立于1998年8月，现设有数学系、物理系（含国家工科物理课程教学基地）、化学系、光电子技术研究所、生物科学与技术研究所，涵盖了数学、物理、化学、生物四个一级学科。理学院自成立以来，坚持以学科建设为龙头，以师资队伍建设为核心，以条件建设为支撑，以制度建设为保障，不断深化改革，在师资队伍建设、学科建设、教学研究、人才培养、科学研究等方面取得了长足的进步。
     学院现有教职工174人，教师144 人，其中院士2人：中国科学院徐叙瑢院士、中国工程院洪涛院士，另聘马志明院士、王淀佐院士、衣宝廉院士为兼职教授。有国家级教学名师1人：王玉凤教授；北京市教学名师2人：王玉凤教授、赵达夫教授。有博士生导师28名（含外聘6名），教授38名，副教授72名，具有高级技术职称的教师占教师总数的76.4%；具有博士学位的教师占教师总数的58.3%，45 岁以下教师的比例为75.7%，45 岁以下具有博士学位的教师占45岁以下教师比例为64.2%，目前有16 名教师在职攻读博士学位，非本校毕业的教师的比例为92.4%，具有出国经历三个月以上的教师的比例超过35%。
     学院目前有光学工程1个一级博士点，有光学、运筹学与控制论2个二级博士点，有数学、物理学、光学工程3个一级学科硕士学位点，14个二级学科硕士学位点。有光信息科学与技术、信息与计算科学等4个本科专业。在校本科生1095人，硕士研究生350余人，博士研究生近100人，其中本科生近三年的深造率一直名列学校前茅，达41%以上。
     理学院拥有国家级物理实验教学示范中心，国家工科物理教学优秀实验基地，发光与光信息技术教育部重点实验室，信息存储、材料与显示铁道部部级开放实验室，有三个专业实验室：光信息科学与技术实验室，化学实验室，信息与计算科学实验室。
     作为本科生理学基础的培养基地，理学院在大学物理及物理实验、高等数学等基础教学方面成绩显著。2005年获得国家教学成果特等奖一项、二等奖一项，实现了学校教学成果特等奖零的突破。2002 年以来我校本科生在全国和国际大学生数学竞赛中成绩突出，一共获得一等奖20个，二等奖23 个，三等奖43 个，处于北京市高校前列。
     学院科研实力稳步提高，先后承担国家973、863、国家自然科学基金等重点及面上项目，以及各行业、地方政府的项目，“十五”期间合同经费是“九五”期间科研经费的4.6倍，发表SCI 论文占学校SCI 论文总数的41.2%，共授理专利50 项，授权发明专利12 项。
     “十五”期间，共邀请国内外专家组织学术交流报告300余场，为教师和学生积极创造了学术交流平台。学院不断开展对外交流，先后与美国、德国、加拿大、日本以及香港等国家和地区的大学或学院建立了广泛的学术交流、科研、教学项目的合作。